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O Plano de Manejo da Estação Ecológica de Carijós tem como principais objetivos gerir de forma sustentável e participativa a unidade de conservação e amenizar os impactos da ocupação do solo, que acontece de forma acelerada e desordenada na região que abriga as Bacias Hidrográficas de Ratones e do Saco Grande. 

Executado pelo Instituto Carijós, o programa de implementação do plano é desenvolvido por meio de atividades diretas e indiretas, entre elas a articulação com as comunidades dos bairros situados no entorno da estação, o desenvolvimento de pesquisas científicas, a realização de projetos de educação ambiental nas escolas da região, o monitoramento da qualidade da água dos rios e da baía inserida na área de influência da estação, a implementação da zona de amortecimento da unidade como medida de controle, o fortalecimento da fiscalização ambiental e a integração com outras UCs localizadas próximas à ESEC Carijós.

O Plano de Manejo da ESEC Carijós - elaborado em 2000 - conta com o apoio do ICMBio (Instituto Chico Mendes de Conservação da Biodiversidade) e a participação das equipes da ESEC Carijós, da APA do Anhatomirim, da REBIO do Arvoredo e da RESEX do Pirajubaé. 

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